Sağlık hizmetlerinin daha kaliteli, verimli ve etkin hale getirilmesinde, çağdaş teknolojik olanaklar ve yönetim tekniklerinden yararlanarak hizmet üretebilen profesyonel yöneticileri yetiştirmek amacıyla kurulan bir bölümdür. Temel amacı stratejik planlar yapabilen, vizyon sahibi, problem çözme yeteneği gelişmiş sağlık yöneticileri yetiştirmektir. Bu bölümde sağlık alanına özel olarak hastane ve sağlık kurumları yönetimi, sağlık politikaları, sağlık ekonomisi, sağlık hukuku, bilgi sistemleri, insan kaynakları yönetimi, stratejik yönetim, muhasebe, finansal yönetim, kantitatif teknikler, mesleki İngilizce, sağlık turizmi, sağlık pazarlaması, karşılaştırmalı sağlık sistemleri gibi geniş kapsamlı eğitim programları uygulamaktır.
İstanbul Medeniyet Üniversitesi Sağlık Yönetimi Programından mezun olabilmek için öğrencilerin en az 240 AKTS'lik ders almaları ve bu derslerden başarılı olmaları gerekmektedir. ayrıca öğrencinin en az 2,00 genel akademik ortalamayı sağlaması gerekmektedir. Bölümü başarı ile tamamlayan ve mezun olan öğrenciler genel sağlık yönetimi yanında başta hastaneler olmak üzere kamu ve özel sektöre bağlı çeşitli sağlık kurum ve kuruluşları olmak üzere çok geniş bir hizmet alanında idari, mali ve teknik işlerden sorumlu yönetici olarak istihdam edilme potansiyeline sahiptir.
2017 yılında açılan ve 2017-2018 Eğitim-Öğretim yılından itibaren öğrenci kabul etmeye başlayan Bölümümüz, Lisans ve Yüksek Lisans düzeyinde eğitim vermektedir.